话说小智一行人为了参加橘子联盟，正在橘子群岛旅行，向着下一个道馆而去。
这一天他们搭上船正经过亚西亚群岛，没有想到遇上了风暴，阴差阳错（好一个阴差阳错，(*^__^*)嘻嘻……）之下来到了亚西亚岛。
“这里是哪座岛啊？”小霞将擅自跑出来的可达鸭收回宝贝球，四处张望着。
“我也不是很清楚。”驾驶员小姐小优看着岛上有些熟悉的建筑，开口说到，“好像是……”
“天啊，那是什么！！！”小建突然大惊失色的后退，有点哆嗦的惊呼。
“啊？！”小智不明所以的顺着小建所指的方向望去，结果看到了一群类似土著的人，不由的抽了一下嘴角：难道自己再次穿越了么？怎么回到史前文明了？
经过一番惊吓之后，才发现他们居然来到了驾驶员小优的故乡亚西亚岛，而来的这群人之中，就有小优青梅竹马的好友小纪。而现在岛上正在举行着一场庆典，貌似是跟海之神洛奇亚有些关联的祭祀。而现在的巫女，则是小纪的妹妹，十分时尚同时有些娇蛮的芙罗拉。
看着其他人渐渐地走远，小智回头望了一下大海，心中产生了一股忧虑之情：这次的风浪，真的是正常现象么？为什么在船上的时候，项链上面的羽毛（火焰鸟的羽毛）突然发热了？难道是火焰鸟有麻烦了？想到这里，突然脑海中闪现出了一幅场景：一座空中城堡里，一只浑身燃烧着火焰的小精灵痛苦的嘶鸣着……
刚刚上来的时候，小智还不知道是怎么回事，但是被岛上的人带去参加庆典的时候，小智才想来这里应该会发生的剧情。
虽然已经是很久远的记忆了，但是小智依稀记得，原著里面的自己，在这里遇上一个叫做吉尔露太的收藏家。这个家伙为了收藏不折手段，居然相继捕捉了火之神火焰鸟、雷之神闪电鸟还有冰之神急冻鸟。最后也不知怎么的，引出了海神洛奇亚，一番剧烈争斗之后，海神受伤了，三只神鸟开始毁灭世界……而要想解决这一切，则需要按照预言中所说的那样子，取来三座神庙之中的宝贝放在举行仪式的地方，然后让巫女吹奏起可以平息神灵愤怒的曲子。而预言中那个所谓的优秀的指挥者，貌似就是指的自己。
而刚刚那幅景象，应该就是火焰鸟被抓了之后给自己传来的求救讯号吧！
想到这里，小智不由得觉得有些头疼，怎么不管走到哪里都有那种为了私欲不顾一切的人呢？那可是神鸟啊！在这个小精灵的世界里，所有的神兽都有着他们的使命，可以说这个世界可以正常运转，都离不开他们，怎么就……
算了，还是早点做准备吧，能早点解除危机也是好的，免得蝴蝶效应之下，事情向着更坏的方面发展那就糟糕了——现在已经有很多事情变了，谁也不知道下一个变化是变好还是变坏。
心事重重的小智趁着还没有举行仪式，跟芙罗拉一起学习这首海神之曲（我自己随便编的一个名字）。自从小智得到鬼翼龙赠送的那支笛子之后，便一直努力学习如何吹奏笛子，想要提高自身的水平，让小精灵们平时也能够进行心理治疗。好在小智虽然音乐天赋不高（指唱歌五音不全），但是吹奏笛子的天赋还不错，只不过平时练习的都是一些小短曲，唯一一首完整的歌，是那首“奥拉稀翁”。
现在见到这里有一首可以治愈海之神洛奇亚的曲子，小智自然是很感兴趣啦，在得到他们的同意之后，便开始卖力的学起来，同时还用波导之力试了试。不知道是怎么回事，小智感觉到自己在运用另外一种力量吹奏的时候，感觉有些怪怪的，仿佛听到了什么生物的共鸣之声。这种新的陌生的力量，似乎是很久之前突然产生的，小智隐隐有所感觉，但是因为不知道那是什么，同时也不知道修炼之法，所以也就放下不管了，只是没有想到的是，那种力量似乎开始与波导之力渐渐融合。
其实这种力量便是超梦当初赠与的超能力。这个能力如同种子一般存于小智的身体之中，在不断的训练之中，渐渐苏醒。而海神洛奇亚毕竟是超能力系的精灵，这首跟海之神有着极深渊源的曲子引动着这股力量，自然便让大海深处的洛奇亚有了感应。
其实最初，依照小智的想法，直接去解决吉尔露太比较好。但是，那个家伙虽然有点疯狂，但同时也是一个天才的发明家，那所移动的空中城堡就非常的厉害，小智甚至在想，如果吉尔露太继续研究的话，说不定可以创造一所天空之城来给人们居住，这样许多的人就不必为了生存问题去砍伐森林让不少的小精灵流离失所了。所以难怪别人说，任何事物都有两面性，可以害人亦可以救人。
感叹了半天，看到周围的岛民忙碌欢庆的样子，小智放下手中的笛子，加入了帮忙的行列。大家还以为小智是个乐于助人的家伙，大加赞赏，殊不知小智心中却暗自想着，快点举行仪式，然后赶紧前去寻找宝物吧，现在简直就是跟时间在赛跑，一点时间能争取到也是好的。哎，怎么就不能让小霞代替自己呢？（小霞说：我没空，我要买手信和土产）
对了，要想逮捕吉尔露太，还需要警方帮忙，可是又不能够跟君沙小姐说——毕竟没有证据……对了，阿龙大哥在附近，应该可以找他帮忙！
想到这里，小智赶紧前往小精灵中心，先是请大木博士将自己存放的几只小精灵全部传送了过来，然后便拨通了渡的电话。
“咦，是小智啊，现在在哪里？找我有事吗？”渡看到小智主动给自己打电话，虽然知道可能是有事情，但是依旧很高兴。
“我现在在亚西亚岛，现在要出大事了，阿龙大哥！”小智有些焦急的语无伦次了，“阿龙大哥，你可以赶过来吗？哦，对了最好从空中过来，这边的海水流向有些问题，坐船过来恐怕会有些危险！”
“不要着急，慢慢说。”渡看到小智眉头紧皱的样子，有些心疼，“我现在正在成都——之前搜查火箭队的任务，我已经做完了，正在写报告。怎么，是火箭队又有异动了吗？”
“呃……我不知道那个人跟火箭队有没有关系，不过据我所知道的，他是个疯狂收藏家，现在正在打算利用三神鸟引出海神洛奇亚。本来我也不是很清楚这件事情的，但是火焰鸟送给我的羽毛向我传达了信息……他已经被抓走了……急冻鸟似乎也……这样子下去会触怒神鸟，让他们开始毁灭世界的……据说在远古时期，三神鸟其实是三灾鸟，后来是海神降服了他们……总而言之，情况十万火急！”
“你有通知君沙小姐他们吗？”
“没有，我没有直接证据，而且我虽然通过火焰鸟看到了那些景象，但是那个家伙具体在哪里，我并不清楚，所以……”
“小智，你刚才的言下之意，是说你知道可以让三神鸟在海神的帮助下平息怒火的方法吗？”
“嗯，根据这座岛上代代相传的祭典……是有这个方法……”
“那你先去准备吧，我会尽快赶过来，等会我就让那里的君沙小姐巡查那个收藏家的所在……要注意安全，等我。”
“嗯。”
也不知道是不是有了渡的鼓励，小智突然觉得自己对于未来的担忧、对自己是否会改变剧情的害怕，全部消失了。他现在要做的、能做的，就是好好准备拿取宝物的事情。现在三座岛屿之中只有闪电鸟尚未被抓，所以他那里的反而是最好拿的——只要趁着他占领其他岛屿的时候，将其拿出来就可以了。火焰鸟那个神庙也比较容易，毕竟自己和火焰鸟关系很好，还有他送给自己的羽毛，到时候在那座岛上自己行动的时候，那座岛上火焰鸟残余的力量，可以庇护自己。至于急冻鸟……也许，自己最难的那一关，便是那座岛屿了……自己必须尽快的在三只神鸟打起来的时候，将三个宝物带回亚西亚岛。
“比雕，波克基斯，到时候你们可是主力，三只神鸟都会在天空行动，所以我的防护就交给你们了，不需要跟他们对战，只需要闪避防御就可以了。只要能够弄回三样宝物，我们的任务就完成了。”
“比——比~”“波克——叽咕~”
“皮卡丘，到时候可能会有些战斗，尤其是那个收藏家会出现，到时候你就和隐藏起来的月精灵一起解救其他神鸟，只需要把困住他们的装置破坏就可以了！”
“皮卡皮！”
“吉利蛋，你负责到时候的治疗，这是一场恶战，到时候大家的后防就交给你了！”
“lucky，lucky！”
“河马王，你负责指挥，如果海神出现了，你就去帮助他。哦，对了，”小智想起这里似乎有一只会说话的河马王，“你可以去附近找一下，说不定会有一个你同类的前辈在这里，说不定他会有什么指点。”【没问题】河马王竖起大拇指，用心灵感应说出。
“飞天螳螂，你是我所有的小精灵里面速度比较快的一个，不过这回的对手都克制你，所以到时候麻烦你在河马王的指挥下和壶壶他们一起照顾遇难的精灵和人！”
“吓吓——”
看着斗志满满的准备好了的同伴们，小智心中胜利的信念大胜，对于成功的把握，增加了不少。
一场大雨就要来临了，这场时间的赛跑，认为的灾难，即将开始了。