两村在边境屯兵, 剑拔弩张的气氛使得两国气氛紧张, 也引起其余各国的密切注意。然而做出如此强烈反应的宇智波却没有如云隐村所愿气冲冲地杀到云隐村去，而是停在光隐村和火之国边境不动了，这让暴脾气的雷影大为光火——如果木叶不打, 他们的计划还有什么用？一开始就披了几年不穿的铠甲上到前线的柯慎反倒是不温不火的，安排了人员就在边境扎了下来。即使叫喊着绝对不会妥协, 柯慎也不是没有脑子的蠢货。他清楚地知道云隐村打的是什么算盘，他当然不能让他们得逞。
不仅如此, 他还要扭转过来。他深知雷影的火爆脾气, 己方忍了下来，雷影绝对是熬不住的，先动手的那方在舆论上占不利地位, 现在只不过是在比谁有耐心。柯慎现在就是在等云忍率先发起攻击, 到时候就是他们行动的时刻了！
如柯慎所料，雷影是忍不久的。光隐村和木叶营地正好将云隐村夹在中间, 两方虽然没有进攻, 但是整天大肆演武，那股气势逼得云隐村焦躁不安，等到这份焦躁积累到足够的程度，即使他们知道先动手不好也只好出手，打仗还讲究一个气势, 一而衰再而竭，雷影也知道如果一再压制手下的人，就会消磨掉他们的士气, 这对以后的战争不利，所以即使再不甘也只好率先发动攻击。柯慎等的就是这个。一旦双方打了起来，原本持反对意见的千手派也只得加入战斗。
木叶3年初，木叶村与云隐村的战争正式开始。时隔三个月，风之国砂隐村加入其中，第一次忍者大战爆发。
与此同时，关系逐渐缓和的宇智波、千手再次陷入僵局，千手不满宇智波挑起战争，同时宇智波也责怪千手的软弱。双方残存的恨意在这种特殊时刻爆发出来，在战争的重压下木叶内部也是乌云笼罩，就像是一根绷紧了的牛皮筋。这种影响甚至传到了忍者学校，原本相处融洽的学生们开始分阵营，相互之间泾渭分明，老师也对此束手无策。最后还是在柱间、柯慎的调解下才勉强合作一起抗敌。
“现在这种时候难道你们还要计较己方同伴这点鸡毛蒜皮的事情吗？好好看清楚我们做到这个地步是为了谁！要打要闹的等到战争结束，作为族长，就算你们要去砸千手的场子我也会力挺的，现在都给我紧着点皮，如果让我发现哪个人做出毫无利益之事，别怪我手下不留情！”柯慎的行为再不靠谱，在宇智波族内的威信还是很高的，在他的警告下，脾气差劲的宇智波反倒比千手更快地平息下来。
由于有被云隐村攻击过的缘故，木叶建立之后柯慎就提议村中的忍者每半年进行一次全体演练，又加上之前已经有心理准备了，所以木叶的战时调动进行的非常快，全体忍者留下保护村子的部分，其余分别派往雷之国战场和风之国战场。由于宇智波原本是在雷之国的，对那里的地形较为熟悉，所以让宇智波领导的队伍去了雷之国战场，而土、水属性居多的千手领导的队伍只得去了干燥的风之国战场。由于柱间是火影，所以一向冲在最前头他必须留守木叶，所以指挥官分别是柯慎和扉间。
柯慎是火属性的，只要不是在水之国，环境对他的影响几乎没有，但是扉间的水属性却是受环境影响很大的属性，风之国的干旱简直是克他的，但是他并不在意。精通水遁的扉间可以在无水之地施展大型水遁，只要不打成持久战就可以，而以他的身手，要打成持久战也不是那么容易的，毕竟他除了水遁还非常擅长瞬身和刀术。
让柯慎到雷之国战场正合他意，这场战斗的起因就是对云隐村的怨恨，要真的将他调到风之国战场，恐怕木叶内部要先瓦解了。光隐村留下的人毕竟是少数，并且实力一般，所以柯慎只是让他们进行扰敌，使得云忍投鼠忌器，不敢专心对付木叶主力军。与此同时，柯慎也未让手下的人进行正式的攻击，云隐村不想等到士气衰竭的时候进攻，柯慎也不想在他们士气正甚的时候跟他们打。所以他要拖、要磨，等到云忍的气势不可避免地消耗掉再进攻。
下头的人不止一次地要求进攻，都被柯慎拒绝了。“你躁着，云忍也同样。”在主帐里讨论事项的耀司这样对前来请愿的宇智波上忍道。“知我者，耀司是也。”柯慎歪了歪头，眼神扫过面前的族人，“把心给我静下来，明天开始，给我例行修炼。”“修炼？”那人惊诧道。“怎的？你已经不需要修炼了吗？还是此刻需要的心境还不懂得？那么就给我回族学堂重修！”
那人满脑袋问号地退出去，外面一个上了年纪的忍者坐在篝火旁用树枝戳着燃烧着的木柴，看见他走出来，便挑着嘴角笑：“族长没答应吧？”年轻忍者在他旁边坐下，嘟囔着：“族长到底什么意思？明明是支持这场战争的，偏偏压兵不前，‘此刻需要的心境’是什么？”长者笑得高深莫测，轻轻摇头：“还是太年轻了啊，你们，安安心心地照着族长说的做吧。”年轻忍者疑惑地皱眉：“大叔，你就给我解释清楚吧！”他真的是已经满脑子浆糊了。
老者叹了口气，将树枝扔进火堆里，然后拍了拍手：“现在云忍的士气正甚，我们也是，打起来是硬碰硬，族长是在等待云忍自乱阵脚。战斗不止需要实力，还讲究时机。这是危机也是机会，和平使得你们这些年轻一辈没有上过战场，希望在这场战争之后，你们可以有所长进。”战争就是一座最残酷的炼炉，在其中受尽苦难之后，只要能够活到最后，都会成为可以独当一面的忍者。能够磨练的除了实力，更有心境和眼力，往往后者比前者更加有用。
“族长大人是在最混乱的年代成长起来的，他的经验比你们多了几倍，同时他惊人的资质使得他看的比任何人都长远。”“虽是这样说，但是族长大人这样的决定真的……”云忍的士气会下降，同时他们的士气也会下降呀，按兵不动的策略真的是合理的吗？老者看出了他的心思：“按照族长大人的话去做，不要胡思乱想，自然不会士气下降，你的心还不够沉稳啊，族长说的没错，这种觉悟的话的确需要回族学堂重修。”对自己的指挥官保持信心和信任，这是最重要的。“看着吧，以我对族长的了解，马上就会做出惊天动地的举动了。”
惊天动地？年轻忍者有些惊讶，怎样的能够称为惊天动地呢？血气方刚的年轻人心里突然燃起了一份期待，兴奋、雀跃的几乎要身体颤抖起来了。虽然还不知道接下来会有怎样的行动，但是如果是族长的话，就足以期待了！这一刻他心中所想的，不只是向云忍报仇，还有一展宏图、奋战沙场的热血！老者瞟了眼年轻忍者放在膝盖上的紧握起来的拳头，勾起了嘴角：年轻人就是有活力啊！想当年他也是这样。
七日之后，木叶、云隐村在两国边境交战，光隐村围在云隐村后方起到牵制作用，使得云隐无法调出大量的人力来攻击木叶主力军。云忍由于前段时期的压抑而焦躁不堪，一股劲地想要斩杀木叶忍者，这股子狠劲没有帮到他们，反倒使得他们无法听从上级的命令，鲁莽行事，作战效率大幅度下降。而木叶忍者在这些时日经过密切地训练和适当的心理调整，在战场上如狼似虎，杀的云忍人仰马翻。特别是柯慎，带着召唤出的九尾，手拿团扇，冲入云忍的阵队，如入无人之境，所经之处一片焦土。
木叶3年五月，在后世称作“祁拿原之战”结束，历时不过五个小时，标志着第一次忍者大战开始。由云隐村率先挑起，却也由云隐村草草地收尾。云隐方的指挥官见情况不好，在形势更加不好之前果断地下达了撤退的命令。但是脾气已经全被木叶挑起来云忍哪里还听得进去命令？除了少数按照指挥撤退的，其余依旧和木叶忍者缠斗在一起，甚至不惜用以伤换伤的打法。
这一战的最终结果就是云忍死伤惨重，出师不利是战场上的大忌，云隐村本就比木叶稍逊一筹，从这一战，明眼人都看得出来，如果没有什么转机的话，最终的胜利将会是木叶的。然而首战告捷并没有让木叶过多的欣喜，因为云隐村如今只是输了一步，战争才开了个头，另外木叶还要同时对付另一边的砂隐村。砂隐村因为处在残酷的沙漠之中，所以砂忍的性格也被磨砺的坚韧刚强，虽然总实力比不上云隐村，却也是块难啃的骨头。砂隐村和云隐村在木叶的两端，万一哪一边出了状况，另一边根本无法及时救援，而留守木叶的人力也是不能过多调出的，所以木叶的状况并没有表面上看起来的那样好。