瘟疫终于还是来了，杨仙茅心头一下抽紧了。他立刻写了一套方子，叫药童马上熬药，给所有人服用下。并叫所有人清洗双手，警告每个人，原则上不要跟病人接触，特别是高热病人。
随后杨仙茅来到内宅，马上让刘冬雁搀扶老太太到船上去，把房门关上，任何人都不得入内，并把内宅的丫鬟仆从包括厨师也都带上大船，任何人都不许离开，他们几个就生活在船上。
杨仙茅必须确保老太太的安全，一方面是已经拜人家是干娘，当然要保护母亲的平安，另一方面，唐氏是他的金饭碗，要是老太太有个三长两短，他的这巨额财富就化为乌有了。
同时，杨仙茅叮嘱前院的掌柜，让他将通往后门的房门严格关闭，任何人没有经过严格消毒都不许进入内宅大院。而且所有饮食都要严格检查，食物必须要煮熟。
安排好防御措施之后，杨仙茅摸着下巴沉吟，为什么自己采取了消毒措施城里却还是出现了瘟病？难道是因为自己的药方出了问题吗？应该不会啊。
这药方他有十足的把握，从古书上的多次瘟疫中记载的方剂精选而来。应该有效果，可是事实上却还是出现了瘟疫。
而且这还只是一个开头，谁知道后面死伤会不会成倍的增长。因为瘟疫传播非常快，杨仙茅必须搞清楚，是哪出了问题。
杨仙茅的目光无意中落在了病房一角的水桶上，里面还有半桶药水，是先前来喷药的人，喷完药之后留下的。并交代这两天可以继续喷洒，特别是脏的地方。
他走过去蹲下身查看药水，先前他并没有留意这一点，现在仔细观瞧之下，发觉不对劲。因为这药水相对比较清淡，药味也不够。杨仙茅马上让伙计按照自己消毒药水的配方捡了一副药，熬出来，然后将二者的颜色进行对比，结果明显不一样。
杨仙茅心里有了一个可怕的推测，他必须要去查清楚。杨仙茅立刻吩咐备马车，径直前往城墙北门。
蔡京身为本次抗洪排涝抢险的都指挥使，他办公的地方就在面临洪水威胁最大的北门城楼之上。这城门楼先前为了堵住洪水，已经拆了大半，后来又重新修建了。但是蔡京很少在里面待着，他一般都在工地上，检查各处防洪排涝的情况。
所以杨仙茅来到城门楼时他并不在，但是侍卫马上认出了杨仙茅。因为上次杨仙茅曾经来找过蔡琴说事情，马上很恭敬地接待了他，杨仙茅让侍卫马上去把蔡京找回来，自己有紧急事情跟他商量。
那侍卫不敢耽搁，马上叫来人手分开寻找蔡京。很快就把蔡京找到了，蔡京正在部署挖泥巴装袋送到城墙上来，准备修补坍塌的城墙。
听说杨仙茅来了，赶紧急匆匆的赶了回来。一眼就看见杨仙茅阴沉的脸，不由有些诧异，连忙把杨仙茅请进了城门楼会客厅里坐下。
杨仙茅等侍从上了香茶退出去，把门拉上之后，这才问道：“我问你，我给你的防止瘟疫的药方，你果真是按照药方配的药进行消毒的吗？”
蔡京愣了一下说道：“就是按照药方啊，你还别说，你的药还真管用，喷了之后，到现在都没发生过啥瘟疫。”
“你说实话，我查看过你配的药，跟我按着药方配出来的药的颜色完全不一样，包括气味。说，这到底怎么回事？”
蔡京有些不好意思的讪讪笑了笑说：“这个，的确是我动了点手脚，我觉得这药水需要配的药太多了点。这洒药水嘛，反正把药洒到地上，谁也不知道效果究竟怎么样，也没人来检查。所以我就捡出来一些药，把贵重的药扣出来，只用了两味。这样才能赚到大钱，要不然利润不会有那么高的。杨公子做生意就是要赚钱。这种事情……”
杨仙茅扬手就是一耳光，把蔡京打得从椅子上摔了下去。他捂着顿时肿起来的左脸颊，惊恐的望着杨仙茅。
杨仙茅用手指着他，怒斥道：“你这混蛋，你知不知道你这样会害死多少人？我告诉你，京城出现瘟疫了！不仅是我的医馆，很多医馆都出现了因为瘟疫而病死的病人。你如果严格按照我的药方配药进行消毒，虽然不敢说不会发生瘟疫，但绝对不会大面积发生的。也不会有很多人染上瘟疫，就算染上了，病情也不会这么重。我一直搞不懂是怎么回事，现在明白了，原来是你偷工减料造成的恶果。该死的东西！”
蔡京惊得跪到了地上，说道：“我不知道会这样啊，杨公子，我马上派人重新配药，我自己出钱，将功赎罪。”
“晚了，一切都晚了！瘟疫已经形成势头，这玩意是有潜伏期的。现在已经有很多人发病，也就是说，很多人都已经染上了瘟疫。”
“亡羊补牢啊，公子，给我一个将功赎罪的机会吧。”
到如今也只能这样，杨仙茅怒道：“那好，你赶紧组织重新配药，一定要按我的药方和要求，用配好的药对所有的地方全部进行喷洒，不能留下任何死角，包括每家每户。如果不让进入的，必须采取措施。告诉他们这是消灭瘟疫必须的行动，谁也不许抗拒。必要时可以采取强制手段。另外马上调集全城仵作，把所有瘟疫病死的人全部集中掩埋，不管是谁的尸体。不容许家属抬回去办丧事。特事特办，不要讲什么情面。因瘟疫而死的尸体会继续散发瘟疫，会让更多人染病。尸体一定要集中火化或者深埋。”
杨仙茅说一句，蔡京点一下头。惶恐不安的连声说明白。
蔡京在这个时候还没有祸国殃民的本事和能力，也没有那种想法，蔡京只是想通过自己的权力来回报对他有知遇之恩的杨仙茅，却没想到弄巧成拙，坏了大事。现在瘟疫流行死了很多人，假如杨仙茅把这件事说出去，他就死定了。
所以在杨仙茅安排好之后正要拂袖而去，蔡京马上跪爬几步挡在杨仙茅的面前，可怜巴巴的说道：“我该死，我一定将功赎罪。杨公子，求你不要把这件事说出去，要不然我可就全完了。”
杨仙茅恨恨说道：“如果我要说出去，现在就不会来找你了，也不会跟你讲明。你在这次抗洪排涝抢险中还是些能力，组织井井有条，抗洪抢险卓有成效。现在险情未除，还需要你继续发挥你的能力，领导抗洪抢险。只要你能把这件事处理好，我可以不把这事揭露出来，算你将功赎罪。人非圣贤，孰能无过。也算也怪我之前没有将这件事的严重性跟你说清楚。”
“不，杨公子，是我自己鬼迷心窍，擅作主张。以后我再也不敢了，一定严格按照公子的吩咐办事。”
杨仙茅道：“那好吧，你赶紧按照我先前说的做，要越快越好。——对了，你还要派人到全城挨家挨户的寻找，如果有短时间突然发高烧的病人，马上送到医馆和药铺就医。”
蔡京连声答应，表示一定要戴罪立功。
这蔡京倒是一个说干就干的人，而且做事风格雷厉风行，特别是这次犯了个大错误，想在杨仙茅面前表现一下，希望能够得到杨仙茅的原谅，因此办事更是快捷。
到了傍晚时分，在因为瘟疫病死的病人的尸体大都被衙门强行运到了城中的一处空地，全部焚烧了。家属刚开始情绪还很激动，跟衙门官员和衙役理论。但是蔡京一方面派官员做解释，告诉他们这是要预防尸体将瘟疫传染给其他人，另一方面，软硬兼施，派出若干全副武装的兵士，在焚尸现场布置了若干的警戒线。
同时，运送尸体的也全部有兵士参与，这些兵士可不会讲什么面子。对方听那倒还好，不听，便是一顿拳脚，强行把尸体运走火化。杨仙茅听说后对此有些皱眉，但是非常时期必须用非常手段。这一点蔡京倒是很干脆。
入夜之后，城里各处出现了大量的民壮，重新对街道房屋和各处死角进行喷洒药水。并挨家挨户敲门进入喷洒药水。有的被大户人家拒绝入门，就将消息报送给了蔡京。
凡是拒绝入门的便由捕快带着兵士强行闯入，并将主人都拉到一旁，同时民壮迅速开始喷洒药物。如此几次之后，很多人家原本也不想让民壮进屋喷药水的，但是得到这个消息，也都不敢在拒绝了。
杨仙茅派出家里的伙计到全城各处探听情况。得到的都是在喷洒药水，而且药水没有问题。可见这蔡京这一次没有再阳奉阴违搞什么手段了。他也知道这是杨仙茅忍耐的底线。如果这次还做不好，他以后只怕就再没有机会表现了。
虽然事后的补救措施很及时，但是正如杨仙茅所预料，京城的瘟疫还是爆发了。因为这之前耽误了七八天的时间，直到患病的人潜伏期过了之后，瘟疫发作才发现，而这一段时间已经足够相当多的人感染瘟疫了，好在这次瘟疫还不算特别的厉害。死亡率有一两成。
很多病人在来到医馆后，很快便陷入深度昏迷后死去。杨仙茅对此无可奈和，对付瘟疫又不是手术刀能解决的。