虽然战乱纷飞的初平二年（191年）已经过去了，但是对这个战乱的年代，诸侯争霸、地方割据每时每刻都在发生，就在关东群雄虎视眈眈的时候，远在长安城的朝廷之中也是阴云暗布、暗流激荡！
董卓回到长安后，威福更盛，盗用天子车服，并命尚书以下众官有子皆至其相府禀报。又以其弟董文为左将军，从子董璜为侍中、中军校尉，皆典兵事。大封其宗族，董氏襁褓中婴儿皆得封，男皆封侯，女为邑君。于长安筑郿坞（今陕西眉县东北），高、厚各七丈，其中积谷可用三十年。董卓又残暴好杀，诸将稍有言语差失，立即处死，又以叛逆之名，大杀关中旧族。其倒行逆施引起朝臣强烈不满。
而征讨董卓的斗争并没因为以袁绍为总盟主的关东联军撤退的停止，更是在关东诸侯在中原之地大打出手的时候，长安城中针对董卓的刺杀也是层出不穷。
其中，越骑校尉伍孚对董卓的倒行逆施十分痛恨，发誓要亲手杀死董卓。一天，伍孚身藏佩刀，前来拜见董卓。交谈完毕后，伍孚便告辞离去。董卓起身出门相送，用手轻轻拍着伍孚的后背，表现出极其亲切的样子。伍孚瞅准机会，猛地抽出佩刀向董卓刺去。由于杀人心切，用力过猛，失手没刺中要害。董卓大惊，慌忙奋力反击，并急呼警卫出手相救，这才脱离危险。伍孚在与警卫斗争过程中，由于寡不敌众，被乱剑刺死。事后，董卓大骂伍孚包藏祸心，不讲仁义。
初平三年（192年）四月，司徒王允、尚书仆射士孙瑞与董卓的亲信吕布共同密谋诛杀董卓。之前，王允先后与司隶校尉黄琬、尚书郑公业、执金吾士孙瑞等人多次商议诛杀董卓的事情。
王允与士孙瑞、杨瓒借登台拜神为名，又一次秘密商量废除董卓的事宜。士孙瑞说：“自从去年年底以来，太阳不照，淫雨不断已达六十多天，我们应该让这种不利国家和老百姓的时期尽快结束。现在，时机大好，我们正可趁天下沸腾之际，主动采取措施，消灭罪魁祸首！”
士孙瑞意在提醒王允可借天时地利人和之机除掉董卓。王允同意士孙瑞的意见，可是考虑到董卓平时戒备森严，而且他本人武力过人，如果不采取周密措施，恐怕不易得手。于是，王允便物色了董卓的亲信吕布作内应。
而吕布年青勇猛，武力超群。起初董卓对他深为喜爱和信任，收他为义子，并提拔他担任骑都尉。后来，董卓又迁吕布为中郎将，封他为都亭侯。董卓把吕布当作自己的贴身侍卫。不管董卓走到哪里，吕布总是形影不离，负责保护董卓的生命安全。
一次，吕布不小心得罪了董卓，董卓大怒，随手抽出刀戟向吕布掷去，幸亏吕布眼疾手快，才得以幸免。当时，吕布并没直接顶撞董卓，而是立即向他谢罪道歉，董卓便不再追究，以后也根本没把这件事放在心上。
可是，吕布却从此心怀私恨，虽然貂蝉已经嫁给了魏延，但是生性风流的吕布又与董卓的婢女私通，心中十分不安。王允把诛杀董卓的计划告诉吕布，并要求他充当内应。起初，吕布不同意，他说：“奈何（我和他）如同父子一样！”王允开导说：“你姓吕，他姓董，又不是骨肉亲情。况且董卓现在是人人得而诛之的国贼，你难道还认他作父亲吗？他向你掷刀戟的时候，把你当儿子看待吗？”不过这吕布也是生性凉薄之人，在此前更是有杀死自己义父丁原丁建阳的前科，此时在王允的敦促下，吕布最终就是顺阶而下的答应了。
在一切准备就绪，正好逢上皇帝大病初愈，朝中文武大臣都集会于未央殿，恭贺天子龙体康复。吕布借此机会，事先安排同郡骑都尉李肃等人带领十多名亲兵，换上卫士的装束隐蔽在宫殿侧门的两边。董卓刚到侧门，便遭到李肃等人的突袭。董卓大骇，慌忙向吕布呼救。吕布正襟危坐，大声道：“我们是奏诏讨杀乱臣贼子，你死有余辜！”绝望中的董卓虽然奋力反抗，但已无济于事，当场被杀，并诛连三族。
在董卓被杀，朝廷上下一片欢腾。董卓祸国殃民的行径，激起了天下人们的极度痛恨，铲除董卓，不仅顺应时代潮流，而且合乎天下民心。它的意义不仅仅只在于谋杀董卓一名国奸臣，而且还深刻影响着东汉末年的历史进程。司徒王允，用自己对朝廷的赤诚和一身正气赢得了铲除董卓斗争的胜利和世人的称赞。董卓被杀后，王允“录尚书事，总朝政，遣使张种抚慰山东”。
作为诛杀国贼的首要功臣，王允自然少不了朝廷的嘉赏和广大人民的称赞。于是，王允态度开始发生改变，似乎有些飘飘然起来：“连董卓这样不可一世的大奸贼都死于我的手下，我还有什么可惧怕的呢？”他便对任何人、任何事情都无所谓，毫不在乎，甚至居功自傲。“及在际会，每乏温润之色，杖正持重，不循权宜之计，是以群下不甚附之。”每当群臣集会，王允很少像以前那样和大家推心置腹，共同商讨权宜之计，而是正襟危坐，面无和悦之色。慢慢地，群臣也不再像以前那样推崇和拥护他了。
董卓死后，王允在如何安排和处理他的旧部时，反复无常，态度极不慎重，而这正是王允最后走向灭亡的最重要和最直接的原因。
他先是想全部赦免董卓的部下，可继而又对群臣解释说：“本来，他们是没有罪的，只是身不由己，跟随董卓，所以不得已听从董卓差遣，犯了错误。现在如果给他们突然加上恶逆的罪名，而且特定赦免他们，恐怕反而使他们猜疑恐惧，心理承受不了，所以，赦免他们无罪不是使他们安心的上上之策，还不如让他们承受惩罚。”
而，凉州兵是董卓的嫡系部队，战斗力强，而且对董卓最忠心。董卓死后，如何处置凉州兵，是关系王允本人和东汉政权的大事。王允企图削夺凉州兵将领的兵权，取缔全部凉州兵，并且计划利用关东兵去控制他们。可是后来有人对王允说：“凉州兵素来害怕袁绍，畏惧关东兵，而今，如果派关东兵去解散他们，凉州兵人人都会担心性命不保，这样，很容易引起兵变和混乱。还不如任命皇甫嵩（字义真）为将军，去担任凉州兵的统帅，并让他长期留在那儿，以便安抚军心。”王允坚决反对：“这样绝对不行，关东兵是反董卓的义兵，与我们是同一条路线，现在董卓已死，如果继续把他们屯驻在险恶之地，虽然安抚了凉州兵，但是关东兵将领会疑心我们不重视他们。”
凉州百姓听到王允想解散凉州兵的风声后，便到处传言，说王允要杀掉所有凉州人，一时之间，整个凉州人心惶惶，一片惊慌。凉州兵将领本来就成了惊弓之鸟，对自己的前途深感忧虑，当他们得知王允要削夺他们的军权，解散凉州兵的消息后，更是惊慌。
此时董卓被杀，牛辅亦已死去，王允清算董卓余党。当时李傕、郭汜等人心怀不安，都打算各自逃亡，贾诩出面阻止了他们，说：“听闻长安城中正在商议着打算把凉州人斩尽杀绝，而诸位阁下抛弃属众独行，一个亭长就能把你们抓住。不如带领部队向西，沿途收敛士兵，再进攻长安，为董公报仇，如果能够幸运地成功，尊奉国家（的命令）征服天下，如果不能成功，再逃走也不迟。”此计为众人采纳。绝望的凉州兵寻思：反正是一死，不如死个痛快。于是他们迅速召集军队，严阵以待，准备见机起事。
随后李傕和郭汜等人将所有凉州兵集合起来，誓师进发都城长安。于是李傕等散发“王允欲洗荡此方之人”的流言，到处说：“朝廷不赦免我们，我们应当拼死作战。如果攻克长安，则可以得到天下；攻不下，则抢夺三辅的妇女财物，西归故乡，还可以保命。”部下纷纷响应，于是同郭汜、张济等人结盟，率军几千人，日夜兼程，攻向长安。及至长安城下，已聚合十余万之众。
王允听说后，派董卓旧部将领胡轸、徐荣在新丰迎击李傕、郭汜。结果徐荣战死，胡轸率部投降。李傕与樊稠、李蒙等围攻长安城，因城防坚固攻而不克。后由城内叛变士兵引导凉州军入城，与守将吕布展开巷战，吕布兵败，仅率百余骑出逃。李傕等纵兵掳掠，吏民死者万余人，尸积满道。太常种佛、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀等被杀。
吕布慌忙领兵出逃时，在青锁门停住，招呼王允一同逃走。王允断然拒绝，对吕布说：“如果天子祖先在天有灵，能赐福社稷，保佑我们的国家平安无事，我就心满意足了。如果这一愿不能实现，我愿意献出自己的生命，以死来报效朝廷。皇上年纪幼小，少不更事，只能靠我们来辅助他。国家遭受如此灾难，如果弃下皇上，只顾自己逃命，我实在是不忍心。况且，我身为宰相，不仅不能使国家平安无事，反而导致逆贼的反叛，我的责任重大啊！请你出城以后，多多鼓励关东豪杰，要常常念及皇上！”说完，便扶着献帝逃到宣平城楼。
李傕、郭汜追到宣平门下，叩头便拜。汉献帝壮起胆子询问道：“你们目无王法，作乱京城，到底打算作什么？”李傕回答说：“董太师对陛下忠心耿耿，却无缘无故遭人杀害，我们只想替太师讨回公道，不敢造反。等到捉拿处决凶手后，我们愿意接受审判。”王允二话没说，向汉献帝行了最后的君臣大礼，便随士兵走下了城楼，李傕、郭汜命令手下当场将王允处决。
随后，李傕等拥兵至南宫掖门，威逼献帝，封李傕为扬武将军、郭汜为扬烈将军、樊稠为中郎将。李傕又杀司棣校尉黄琬、左冯翊宋翼、右扶风王宏等人。一时间，京城腥风血雨，朝野大乱。
在初平三年（192年）九月，又进封李傕为车骑将军、开府、领司隶校尉、假节、池阳侯，郭汜为后将军、美阳侯，樊稠为右将军、万年侯。张济被封为镇东将军、平阳侯，外出屯驻在弘农。以贾诩为左冯翊。自此长安和朝政已经掌控在李傕和郭汜的手中！（未完待续）